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小米手机拦截的短信可以通过设置密码进行保护，具体操作步骤如下。
1、打开短信应用：在小米手机上找到短信应用图标并点击进入。
2、进入拦截短信列表：点击短信应用中的“拦截短信”或类似的标签，进入拦截短信的列表。
3、选择要保护的短信：在拦截短信列表中，选择想要设置密码保护的短信。
4、进入设置菜单：通常可以在短信的详情界面中找到“更多”或“设置”等选项，点击进入设置菜单。
5、选择隐私保护：在设置菜单中，找到与隐私保护或密码保护相关的选项。
6、设置密码：根据提示，输入并确认一个密码，用于保护拦截的短信。
7、保存设置：完成密码设置后，确保保存更改。
关于如何将保护后的短信保存到手机的问题，设置了密码保护的短信仍然会保存在手机中，只是在查看时需要输入密码进行解锁，具体的保存路径可能会因手机版本或操作系统版本而有所不同，通常可以在短信应用的设置或文件管理中的某个文件夹内找到。
如果以上步骤未能解决问题，建议查看小米手机的官方用户手册或在线帮助文档，或联系小米的客服支持获取更具体的指导。